Scientist / Senior Scientist, Structure-Based Modeling in Lisbon

A Deep Origin está à procura de um Cientista ou Cientista Sénior com forte experiência em design de fármacos baseado em estrutura, incluindo docking, dinâmica molecular (MD) e perturbação de energia livre (FEP), para apoiar uma iniciativa transformadora da ARPA-H. Você liderará o design de fluxos de trabalho de simulação robustos e analisará estruturas de proteína-ligante em um grande painel de alvos para apoiar a modelagem preditiva para descoberta terapêutica.

Requisitos:

• Ph.D. em química computacional, biologia estrutural, biofísica ou área relacionada;
• Mais de 2 anos de experiência pós-doutoral ou na indústria em modelagem baseada em estrutura;
• Experiência prática com FEP (RBFE/ABFE), incluindo melhores práticas em configuração, amostragem e análise;
• Proficiência em uma ou mais plataformas de simulação (por exemplo, Schrödinger FEP+, OpenMM, GROMACS, AMBER, NAMD);
• Forte compreensão da ligação proteína-ligante, seleção de estrutura e variabilidade conformacional;
• Experiência em programação em Python e familiaridade com ferramentas como MDAnalysis, APIs do PyMOL ou MDTraj;
• Inglês fluente para colaboração com uma equipe internacional;
• Capacidade de trabalhar em fusos horários dos EUA quando necessário.

Desejável:

• Experiência em benchmarking entre múltiplas entradas PDB ou estados conformacionais;
• Trabalho anterior integrando modelagem estrutural em pipelines de aprendizado de máquina;
• Familiaridade com MM/GBSA, funções de pontuação de docking ou métodos de agrupamento;
• Experiência em ambientes HPC baseados em Unix, gerenciadores de carga de trabalho (por exemplo, SLURM, etc.) e opcionalmente AWS;
• Conforto em gerenciar dados de simulação em larga escala para modelagem ou análise.

Responsabilidades:

• Analisar dezenas a centenas de alvos proteicos relevantes para ADMET e alvos fora do alvo, focando em conformações, flexibilidade do sítio de ligação e estados ligados ao ligante para guiar a preparação da estrutura e o design do conjunto;
• Executar e refinar simulações de docking, MD e FEP (RBFE e ABFE) usando ferramentas de ponta;
• Aplicar métodos como restrições, transformações alquímicas e estratégias de amostragem para garantir fluxos de trabalho FEP robustos e reproduzíveis;
• Curar, benchmark e selecionar estruturas ótimas de proteína-ligante (por exemplo, do PDB) para modelagem preditiva;
• Avaliar múltiplas representações estruturais (por exemplo, diferentes IDs PDB) para determinar a melhor entrada por alvo;
• Colaborar com equipes de quimioinformática, ML e experimentais para integrar insights baseados em estrutura em pipelines de descoberta;
• Comunicar progresso, descobertas técnicas e desafios entre equipes internas e externas.

Por que se juntar à Deep Origin:

A Deep Origin constrói infraestrutura moderna para ciência computacional na interface da biologia, química e IA. Como parte do nosso programa ARPA-H, você moldará o futuro da modelagem baseada em estrutura para terapias.

Oferecemos:

• Uma equipe remota em todo os EUA, Europa e Armênia;
• Pacotes salariais competitivos e de ações;
• Horários de trabalho flexíveis;
• Uma cultura orientada por missão e cientificamente rigorosa que valoriza autonomia e impacto.