Bioinformatician - Cancer Genomics

Estamos à procura de 2 bioinformáticos altamente motivados e qualificados para se juntarem à nossa dinâmica equipa de investigação no Centro de Cancro Pancreático Botton-Champalimaud. Os candidatos selecionados desempenharão um papel crítico no desenvolvimento e implementação de pipelines bioinformáticos robustos em ambientes de nuvem, analisando conjuntos de dados genómicos complexos e contribuindo para o avanço dos nossos programas de investigação. Esta posição é ideal para indivíduos com uma forte formação em bioinformática e experiência prática com computação em nuvem e dados biológicos complexos.

Responsabilidades Principais

• Desenvolvimento e Gestão de Pipeline em Nuvem: Projetar, implementar e manter pipelines bioinformáticos escaláveis em ambientes de nuvem (ex.: AWS, Azure, GCP) para processamento e análise de dados ómicos em larga escala. Isto inclui otimizar fluxos de trabalho para eficiência, robustez e custo-efetividade.
• Análise de Dados Multi-ômicos: Lidar com diversos tipos de dados multi-ômicos, incluindo WGS do cancro, RNA-seq, transcriptómica de célula única, transcriptómica espacial e sequenciação de leitura longa, e contribuir para o desenvolvimento e avaliação de novos pipelines computacionais para analisar dados ómicos.
• Integração e Visualização de Dados: Integrar dados genómicos com outros conjuntos de dados biológicos relevantes (ex.: RNA-seq bulk, célula única e transcriptómica espacial) e desenvolver visualizações atraentes para comunicar descobertas complexas.
• Colaboração: Fornecer suporte bioinformático especializado e atempado através do nosso departamento de investigação, incluindo biólogos experimentais, clínicos e outros bioinformáticos, para alcançar os objetivos centrais da investigação.
• Documentação e Reprodutibilidade: Garantir documentação rigorosa de todas as análises, código e pipelines para promover a reprodutibilidade e facilitar a transferência de conhecimento.

Requisitos

• Mestrado em Bioinformática, Biologia Computacional, Ciência da Computação ou área relacionada com forte foco computacional.
• Experiência comprovada no desenvolvimento e execução de pipelines bioinformáticos em ambientes de computação de alto desempenho (HPC) ou computação em nuvem (ex.: AWS Batch, GCP, etc.).
• Experiência prática com software bioinformático para cancro ou genómica humana.
• Fortes habilidades de programação, preferencialmente em Python e/ou R.
• Experiência com sistemas de gestão de fluxo de trabalho (ex.: Nextflow).
• Proficiência com sistemas de controlo de versão (ex.: Git).
• Excelentes habilidades de comunicação escrita e verbal em inglês.
• Uma mentalidade colaborativa e motivação para trabalhar numa equipa internacional e interdisciplinar.

Qualificações

• Doutoramento em Bioinformática, Biologia Computacional, Genómica, Ciência da Computação ou área relacionada com forte foco computacional ou 3 anos de experiência profissional em um papel semelhante.
• Experiência com tecnologias de containerização (ex.: Docker, Singularity).
• Familiaridade com pipelines e ferramentas de análise de dados de sequenciação Nanopore.
• Familiaridade com análise de dados de transcriptómica de célula única e espacial.
• Histórico comprovado na condução de investigação, incluindo o desenho, execução e interpretação de experiências.

Encorajamos candidaturas de candidatos que atendam à maioria, mesmo que não a todos, dos critérios listados.

Processo de Seleção

Todos os CVs e cartas de motivação serão revistos pelo comitê de seleção. Cartas de referência serão solicitadas aos candidatos pré-selecionados, e aqueles considerados particularmente adequados para a posição serão convidados para uma entrevista.

Comentários Adicionais

O Centro de Cancro Pancreático Botton-Champalimaud é uma instalação de ponta que compreende laboratórios de pesquisa, um hospital de dia, um centro cirúrgico, bem como instalações de internamento e cuidados intensivos. A missão do Centro de Cancro Pancreático Botton-Champalimaud é desenvolver novos e eficazes tratamentos para o cancro pancreático. Para alcançar este objetivo, uma equipa multidisciplinar de cirurgiões, clínicos, especialistas em ensaios clínicos, cientistas do cancro, especialistas em genómica e biólogos computacionais trabalham juntos para oferecer resultados de classe mundial para pacientes com cancro pancreático.

De acordo com as nossas diretrizes comunitárias e política de Igualdade, Diversidade e Inclusão e Plano de Igualdade de Género, nenhum candidato pode ser privilegiado, favorecido, prejudicado ou privado de qualquer direito ou excluído de qualquer dever com base em idade, sexo, identidade de género, orientação sexual, raça/etnia, deficiência, doença crónica, língua, nacionalidade, território de origem, situação familiar (casamento, gravidez e maternidade, ter ou não dependentes), situação socioeconómica, educação, religião, crenças políticas ou ideológicas, filiação sindical, ou por qualquer outro motivo que seja irrelevante para a tomada de decisão.

A presente chamada tem o único propósito de preencher a posição de investigação indicada. Esta chamada pode ser cancelada a qualquer momento antes da avaliação de todos os candidatos elegíveis pelo júri e o processo de recrutamento será concluído no dia da execução total do contrato entre a Fundação Champalimaud e o candidato selecionado.